No, es totalmente seguro. Los certificados de acceso al panel de control del hospedaje (Directadmin, Plesk...) suelen ser los certificados compartidos del servidor (certificados autofirmados -non-Trusted-).
A pesar de que los certificados autofirmados proporcionan el mismo nivel de encriptación, son autofirmados en lugar de comprados a una entidad certificadora conocida. Como consecuencia, los visitantes de su sitio seguro, recibirán como bienvenida una ventana emergente de alerta de seguridad.
Por tanto, acepte con seguridad estos certificados, y si alguien le pregunta sobre esa alerta de seguridad inicial, coméntele el motivo.