Para generar el certificado tienes que ir a tu Panel de Control del Hospedaje, en la opción Certificados SSL, selecciona Let's Encrypt, indica una cuenta de correo y los nombres para los que quieras generar el certificado, pueden ser todos. No olvides hacer click en guardar al finalizar.
Si usas algún tpv virtual tendrás que contratar una ip adicional hasta que redsys u otras redes soporten certificados SNI.
Una vez realizado esto tienes que ir al apartado Configuración de Dominios del panel, activar el uso de ssl y Usar un enlace simbólico a public_html hará que https:// cargue el mismo contenido que http:// o bien añadir el contenido que deseas que cargue en https en el directorio private html.
Una vez completados todos los pasos el certificado esta instalado y funcionando en tus dominios.